Anglia, rok 1648. W kraju toczy się wojna domowa, jej echa docierają nawet na odludne mokradła południowego wybrzeża. Trwają polowania na czarownice. To niebezpieczne czasy dla kobiet, które chcą być niezależne. Taka jest Alinor - żyje bez męża, zna się na ziołach, budzi lęk i zawiść zabobonnych wieśniaków. W noc letniego przesilenia zielarka wyczekuje na cmentarzu znaku, że jej brutalny mąż rozstał się ze światem. Tymczasem pod kościołem pojawia się James, młody emisariusz, który prosi Alinor o pomoc. Kobieta przeprowadza go tajemną ścieżką przez zdradliwe bagna. Nie wie jeszcze, jak wiele przyjdzie jej zapłacić za tę znajomość...

Rok 1670. Do nędznego magazynu na brzegu Tamizy przybywa dwoje nieoczekiwanych gości. Pierwszy to sir James Avery, który szuka kochanki porzuconej dwadzieścia lat temu. Jako protegowany króla Karola II dziś mógłby wiele zaoferować Alinor w zamian za odzyskanie tego, czego nie sposób kupić - syna i dziedzica. Drugim gościem jest piękna wenecjanka w żałobie. Przedstawia się jako synowa Alinor i oznajmia, że straciła męża w ciemnych wodach weneckiej laguny. Alinor jest jednak pewna, że syn żyje, a wdowa to oszustka. W listach dzieli się rozterkami z bratem, który wyjechał do Ameryki i próbuje ułożyć sobie życie gdzieś na pograniczu ziem zajętych przez angielskich osadników i terenów zamieszkanych przez Indian. "Mroczne wody" to przejmująca wędrówka z dzielnic biedy i pałaców XVII-wiecznego Londynu, przez kapiącą złotem Wenecję, aż po pionierską osadę Hadley w Nowej Anglii.

Rok 1685. Anglią włada nawrócony na katolicyzm Jakub II Stuart, w kraju wybuchają zamieszki. Polityka dzieli nie tylko wielkie rody - dociera też na ubogie londyńskie nabrzeża. Ned Ferryman przybywa z Ameryki, by raz jeszcze wziąć udział w wojnie domowej. Towarzyszy mu Rowan, młoda Indianka udająca chłopca. Alinor wraz z przybranym wnukiem wreszcie wraca na ukochane Mokradła, aby być panią domu, do którego dawniej wchodziła kuchennymi drzwiami. Doktor Rob Reekie, syn Alinor, usiłuje trzymać się z dala od wojny. Niestety, nie jest to możliwe. Zostaje wplątany w podstępną intrygę nobildonny Livii. Stawką jest królewski noworodek; monarchia wszak potrzebuje następcy tronu, a ciąża królowej znów jest zagrożona... W trzecim tomie tej epickiej sagi opowieść zatacza szerokie kręgi: od bitwy na ponurej równinie Somerset w sercu Anglii aż po niewolnicze wyspy na najdalszych krańcach rodzącego się imperium. Nowy świt wstaje w innym, nowym świecie, gdzie ryzyko jest wielkie, lecz wygrana jeszcze większa...